В центре сюжета Contra: Operation Galuga — дуэт коммандос, вступивший в противостояние с террористической группировкой Red Falcon, захватившей несколько островов у побережья Новой Зеландии.
Авторы игры, среди прочего, сделали три уровня сложности и дополнительные параметры, благодаря которым можно настроить динамику геймплея.
